Trường Trung học phổ thông Phan Đình Phùng được coi trường có tỉ lệ "chọi" cao nhất thành phố trong các kì thi tuyển sinh lớp 10 Trung học phổ thông hệ không chuyên.[4] Cùng với đó, trường cũng là một trong những trường có chất lượng đào tạo thuộc tuyến đầu thành phố với điểm trung bình các môn kì thi Trung học phổ thông quốc gia đều ở mức trên trung bình toàn quốc.[5] Vào năm 2020, trường đã được chọn làm địa điểm thi IELTS chính thức của Hà Nội.[10]

Hệ thống lớp học của trường được phân ra thành hai khối học: Khối quốc tế (gồm 3 lớp ban D, 2 lớp ban A, 1 lớp Nhật mỗi niên khóa) và Khối đại trà.[11]

Ngoài việc học tập, trường cũng đặc biệt chú trọng đến các hoạt động ngoại khóa với hơn 20 câu lạc bộ lớn nhỏ đã được lập ra nhằm thỏa mãn tinh thần và đam mê của học sinh.[12]